Bestemmelsen omhandler rettsvirkningene av at en naturtype blir utvalgt. Bestemmelsen må ses i sammenheng med naturmangfoldloven § 53 om utvelgelsens generelle betydning.
Kommunen skal primært avklare forholdet til utvalgte naturtyper i rettslig bindende plan. Reglene i byggesaken spiller en sekundær rolle. Det er likevel ikke alle tilfeller der forholdet til utvalgte naturtyper er avklart i plan. Enten fordi planen er eldre enn forskriften om utvalgt naturtype, eller fordi planen er for grovmasket til å dekke følgene for forekomsten av naturtypen, typisk der det kun finnes kommuneplan og ikke reguleringsplan for området. I slike tilfeller kommer reglene i § 9-4 til anvendelse.
At det ”skal tas særskilt hensyn” til innebærer at hensynet til den utvalgte naturtypen skal veie tungt i kommunens skjønnsutøvelse. Dette innebærer ikke at det i alle tilfeller skal ha avgjørende betydning. Her kan det oppstå mål- og interessekonflikter som tilsier at enkeltforekomster av en utvalgt naturtype må ofres. Det hensynet som skal tas, er at den beslutningen som kommunen treffer som bygningsmyndighet, ikke fører til forringelse av naturtypens utbredelse og forekomstenes økologiske tilstand. Ved vurderingen av om den utvalgte naturtypes utbredelse eller økologiske tilstand forringes, skal det legges vekt på forekomstens betydning for den samlede utbredelse eller kvalitet av naturtypen og om en tilsvarende forekomst kan etableres eller utvikles på et annet sted. Vurderingen skal blant annet gjøres i perspektivet av hvor viktig den aktuelle forekomsten er i forhold til totalen av forekomster av naturtypen i kommunen, fylket eller landet som helhet. Med en naturtypes økologiske tilstand menes status og utvikling for funksjoner, struktur og produktivitet i en naturtypes lokaliteter sett i lys av aktuelle påvirkningsfaktorer, jf. naturmangfoldloven § 3 bokstav s). Fylkesmennenes miljøvernavdelinger og Miljødirektoratet vil kunne gi råd og veiledning til vurderingene.
En søknad om tiltak i en utvalgt naturtype kan avslås dersom inngrepet fører til en forringelse av naturtypens utbredelse og forekomstenes økologiske tilstand. Å ta hensyn til innebærer ikke nødvendigvis at tiltak må nektes gjennomført. Det kan være tilstrekkelig at myndighetene setter nærmere vilkår for gjennomføringen av et tiltak og at kostnader for å oppfylle vilkårene ligger på tiltakshaver. Det er nødvendig å vurdere om hensynet til forekomsten av den utvalgte naturtypen kan tilfredsstilles ved plassering av bygget. Dersom det for eksempel gjelder plassering av et bygg i nærheten av en hul eik, jf. forskrift om utvalgte naturtyper § 3 nr. 3, er det mulig at man kan ivareta hensynet til eika (forekomsten) ved en kombinasjon av vilkår til plassering og utforming.
Om hensynet til den utvalgte naturtypen etter kommunens skjønn i den aktuelle saken likevel ikke skal gå foran, kan kommunen treffe vedtak som innebærer at forekomsten blir ødelagt eller forringet. I slike tilfeller skal vedtaket kunngjøres i samsvar med reglene i naturmangfoldloven § 56. Begrunnelsen for vedtaket og avveiningen skal fremgå av vedtaket.